Fakultas Sains, Teknologi dan Matematika Universitas Muhammadiyah Kudus didirikan pada tanggal 12 Oktober 2018 dengan SK Ijin Penyelenggaraan Nomor 879/KPT/I/2018 yang ditandatangani oleh Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi.  Sejak didirikan sampai dengan sekarang Fakultas MIPA Universitas Muhammadiyah Kudus memiliki 1 Program Studi yaitu Program Studi S-1 Matematika.

Sejak berdiri hingga saat ini Fakultas MIPA Universitas Muhammadiyah Kudus berupaya untuk  menjadi unggul dan islami dengan penguasaan ilmu pengetahuan teknologi dan seni yang berbasis kewirausahaan serta berwawasan internasional sesuai dengan visinya.